Ao longo de sua trajetória institucional, a FVA recebeu vários prêmios em reconhecimento à sua contribuição para a conservação da biodiversidade e o desenvolvimento sustentável da Amazônia.
- 2005 – Prêmio Chico Mendes (Ministério do Meio Ambiente), em 1º lugar na categoria Organização Não-Governamental, pelo conjunto de ações da FVA.
- 2005 – Prêmio X Ford Motor Company de Conservação Ambiental em 1o lugar na categoria Ciência e Formação de Recursos Humanos, pelo projeto “Janelas para biodiversidade no Parque Nacional do Jaú: Uma estratégia para o estudo da biodiversidade na Amazônia” (Programa de Pesquisas Científicas). Premiação promovida pela Fundação Ford em parceria com a Conservation International (CI-Brasil).
- 2005 – Prêmio Empreendedor Social Ashoka McKinsey em 3o lugar na categoria Negócios Inovadores, pelo projeto “Peixe do Rio Negro” (Programa de Organização Social) em parceria com a Associação dos Pescadores de Novo Airão (APNA).
- 2005 – Prêmio Planeta casa: Nosso planeta, nossa casa, na categoria Ações Efetivas, pelo projeto “FIBRARTE” (Programa de Alternativas Econômicas). Premiação promovida pela Revista Casa Cláudia.
- 2003 – Prêmio Banco Mundial de Cidadania na categoria Experiências Sociais Inovadoras pelo projeto “FIBRARTE” (Programa de Alternativas Econômicas). Premiação promovida pelo Banco Internacional para Reconstrução e Desenvolvimento (BIRD) em parceria com o Ministério do Meio Ambiente (MMA).
- 2003 – Prêmio Ford de Conservação Ambiental para Carlos César Durigan (Coordenador Executivo) e Sérgio Henrique Borges (Coordenador do Programa de Pesquisas Científicas).
