Ao longo de sua trajetória institucional, a FVA recebeu vários prêmios em reconhecimento à sua contribuição para a conservação da biodiversidade e o desenvolvimento sustentável da Amazônia.
- 2015 – Prêmio Nacional de Biodiversidade- Menção honrosa com o projeto de Gestão participativa eficiente e o Sistema de Monitoramento de Uso de Recursos – SiMUR no rio Unini.
- 2012 – Prêmio Professor Samuel Benchimol e Banco da Amazônia de Empreendedorismo Consciente em 3º lugar na categoria Projeto de Natureza Social da Edição 2012 com o projeto “Agroextrativismo sustentável no Rio ‘da fome’: quebrando paradigmas produtivos na bacia do Rio Negro”.
- 2007 – Prêmio Chico Mendes (Ministério do Meio Ambiente) em 2o lugar na categoria Negócios Sustentáveis, com o projeto “Iniciativa Mercado Rio Negro: Parcerias para Conservação” (Programa de Alternativas Econômicas).
- 2006 – Prêmio AmbienteGis em 1o lugar na categoria Novos Projetos, pelo trabalho “Mapeamento participativo do uso de recursos naturais através de imagens Landsat nas comunidades do baixo rio Negro- Amazônia Central” (Programa de Pesquisas Científicas), apresentado no XIII Simpósio Brasileiro de Sensoriamento Remoto (SBSR) em Florianópolis, promovido pelo Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE).