El uso de geotecnologías es una de las herramientas de trabajo y acción de los programas implementados por la FVA. En la sede de Manaus, opera el Laboratorio de Geoprocesamiento, cuya misión es brindar apoyo técnico a los proyectos de la Fundación y la gestión de políticas públicas, con la preparación de mapas y análisis geoespaciales.
La FVA también es pionera en el desarrollo de métodos participativos para mapear el uso de los recursos naturales, integrando el conocimiento tradicional de las poblaciones ribereñas con técnicas modernas de sistemas de información geográfica.